這主要是由于盆中的水苔長期過濕造成的。蝴蝶蘭是肉質根系，耐一定的干旱，但不耐長期澇，盆內基質長期濕度高，根系易腐爛。解決辦法是將蝴蝶蘭從盆中取出，放置在陽光充足的地方2~3但中午溫度過高時不要曬太陽，以免葉子灼傷。
曬干時，用報紙或葉子覆蓋蝴蝶蘭的葉子，只曬根和空盆，水蒸發至90%干燥時就可以收起來，也可以消毒殺菌。蝴蝶蘭根腐爛，只要在更好的光線下曬幾個小時，但曬太陽時一定要翻臉，不要只曬一面。澆水后要看干濕，不要總是讓基質太濕。
腐爛的根也可以在盆中澆水，如甲基托布津、百菌清、代森錳鋅等。800~1000倍液為宜。但在家庭中一般不使用，因為它會污染空氣。
