殺花盆小蜈蚣可以采取家用滅殺蚊子、蟑螂、白蟻等害蟲的氣霧殺蟲劑，多噴幾下即可。農用阿維菌素或是百蟲靈也可以滅殺蜈蚣幼體，驅趕大蜈蚣，且這二者還可以兼具驅滅其他害蟲的能力，有毒性但很小，也適合家用。
石灰粉也可以滅殺小蜈蚣，驅趕大蜈蚣。具體做法是：先給花盆澆透水，然后在花盆土壤表面撒一些生石灰粉。但是不耐堿性的花卉不要施用生石灰粉。
雄黃可以驅滅蜈蚣蜘蛛等昆蟲，且一次施用藥效持續時間長。在花盆表面撒一些雄黃粉，再澆透水即可。如果要快速驅滅，可以用雄黃粉調制雄黃酒澆到花盆里，但藥效時間不是很長。雄黃在一定條件下可以轉化為劇毒物質。
蜈蚣一般喜歡在有一定濕度的松軟土壤里穴居，或是蟄居在陰暗角落雜物里,愛貼地爬行，不太喜歡往高處攀爬。擺放在庭院和一樓陽臺的花盆，盡量不要密集，通風透氣和透光，可以采用高腳花盆，并且定期疏松一下花盆表土破壞蜈蚣和蟲子的生存環境，把落葉翻埋在土里加快腐殖，這樣可以減少蜈蚣藏身花盆的機會。